由于倭寇的骚扰,明朝与日本的贸易关系极其复杂。明朝初年,几位皇帝曾希望通过外交途径镇压倭寇的入侵,于是对日本实行禁闭政策,授予御检,并允许他们在明朝朝贡。但由于双方对“朝贡”的理解不同,明朝试图将其作为“克制”的手段,以消除“麻烦鸿沟”;另一方面,日本把它视为一个赚钱的机会,甚至把一些筹款放在贡品上。因此,日本著名的寺庙和寺院往往在明朝激烈争夺贡品,最终导致宁波的“贡品争夺战”。此后,明朝改变了对日贸易政策,打击对外贸易,中断对日贸易关系。结果在东南沿海一直被倭寇骚扰,被称为“嘉靖侵华日军”。日本侵略基本平定后,明朝虽然宣布开放漳州月港的海上贸易,但仍实行对日不通商政策,最终两国再也没有恢复正常的贸易关系。